Pirmo reizi Novgoroda hronikā tika minēta 859. gadā - šis datums tiek uzskatīts par sākumpunktu pilsētas vecumam. 862. gadā stāstā "Pagājušo gadu stāsts" ir stāsts par varangiešu aicinājumu uz Krieviju. Vecākais no atnākušajiem varangiešiem Ruriks sāka valdīt Novgorodā.
11. gadsimta sākumā Novgoroda savā struktūrā neatšķīrās no citām Kijevas Rusas pilsētām. Bet 1014. gadā princis Jaroslavs Gudrais atteicās maksāt nodevu Kijevai, un faktiski Novgoroda kļuva neatkarīga. Novgorodā sākas pilsētas akmens sienu un Sofijas katedrāles celtniecība.
12. gadsimta otrajā pusē novgorodieši ieguva tiesības uz veču - viņi sāka ievēlēt bīskapu - augstāko baznīcas autoritāti. Līdz 12. gadsimta beigām novgorodieši saņēma tiesības uzaicināt valdniekus no jebkuras pilsētas un noslēgt ar viņiem līgumu. 1226. gadā Novgorodas tronī kāpa Aleksandrs Jaroslavovičs, kurš vēlāk tika nosaukts par Ņevski.
XIV gadsimtā pilsētu sauca par Novgorodas Republiku un bija viens no lielākajiem un bagātākajiem reģioniem Eiropā. Republika ietvēra tagadējās Novgorodas, Pleskavas, Ļeņingradas, Arhangeļskas apgabalu un Komi un Karēlijas autonomo republiku teritorijas. Šim laikam pieder arī lielākā daļa atklāto bērza mizas burtu. Bet 15. gadsimta beigās novgorodieši zvēr uzticību Maskavas kņazam Ivanam III.
1570. gadā Ivans Briesmīgais ierodas Novgorodā, lai nomierinātu pilsētniekus, apsūdzēts nepatiesā nosodījumā par vēlmi doties uz Lietuvu. Apsargi jau vairākas nedēļas sagrauj un aplaupa Novgorodu, un tiek nogalināti vairāki tūkstoši iedzīvotāju.
17. gadsimta sākumā, nepatikšanas laikā Krievijā, Novgorodu okupēja zviedri, iedzīvotāju skaits tika samazināts līdz 800 cilvēkiem. 17. gadsimta otrajā pusē Novgorodu apmetās kolonisti no Valdai, Tihvinas un citām apkārtējām pilsētām. 18. gadsimtā, sākoties Sanktpēterburgas celtniecībai, Novgoroda beidzot zaudē savu komerciālo un ekonomisko nozīmi. 18. gadsimta beigās Novgorodu sāka pārbūvēt pēc vispārējā plāna. 1862. gadā pilsētā tika atklāts Krievijas tūkstošgades piemineklis.
Lielā Tēvijas kara laikā 1941. gada augustā nacisti okupēja Novgorodu. 1944. gada 20. janvārī viņu atbrīvoja padomju karaspēks.
1959. gadā Novgoroda svinēja savu 1100. gadadienu.
