Igaunijas upes ir ļoti mazas un starp septiņsimt valsts upēm tikai deviņas var lepoties ar simt kilometru atzīmes pārvarēšanu.
Piusa upe
Piusa iet cauri divu valstu - Igaunijas Republikas un Krievijas - teritorijām. Kopējais upes gultnes garums ir deviņdesmit trīs kilometri. Sadalījums ir šāds: Igaunijai pieder astoņdesmit kilometri Piusa; Krievijas teritorijas daļa veidoja nelielus trīspadsmit kilometrus. Kopējā sateces baseina platība ir 796 kvadrātkilometri.
Upes avots atrodas uz igauņu zemēm Alasjēra ezera ūdeņos (Villa ciems, kas atrodas dienvidrietumu virzienā no Vastseliina ciema - divpadsmit kilometri). Upes grīva ir Peipsi ezera spogulis, netālu no Budovizh ciema. Pie saplūšanas Piusu sadalās, ieplūstot ezerā divos zaros.
Upes vidusceļš - astoņpadsmit kilometrus starp Vastseliina un Saetamme ciemiem - iet gar skaistu dobumu. Tieši viņa kļuva par vietu, kur tika organizēta rezerve. Tā tika dibināta 1965. gadā un aptver teritoriju, kuras kopējā platība pārsniedz deviņus kvadrātkilometrus.
Võhandu upe
Võhandu ir republikas garākais ūdensceļš. Tās kopējais garums ir simts sešdesmit divi kilometri. Võhandu avots atrodas netālu no igauņu Savernas apmetnes. Pēc tam tas šķērso Jiksi ezera dziļumus un pabeidz braucienu, savienojoties ar Siltā ezera ūdeņiem. Tas notiek netālu no Võõpsu ciema.
Zīmīgi, ka pirms Vagulas ezera iedzīvotāji šo upi sauc par Pyhajõgi, bet pēc tās iziešanas no tās ūdeņiem - Voo.
Kuģi kuģo gar upi pa posmu, ko ierobežo Peipsi ezers, un ostu, kas atrodas Võõpsu ciema teritorijā. Daudzas straumes ir galvenie ūdens piegādātāji Võhandu.
Pērnavas upe
Pērnava ir Igaunijas upe, kuras kopējais garums ir simt četrdesmit četri kilometri. Kopējā sateces baseina platība ir gandrīz septiņi kvadrātkilometri. Upes avots ir miniatūrs ezers ar avotu izcelsmi (netālu no Roosno-Alliku), bet beidzas Pērnavas maršruts, ietekot Pērnusas līcī (daļa no Rīgas jūras līča, Baltijas akvatorija).
Upe tiek barota jaukta veidā. Un, ja augštecē pazemes ūdeņi kļūst par piegādātājiem, tad lejtecē ir lietus. Upe ne vienmēr sasalst ziemā. Ja tas notiek, ledus veidojas aptuveni no decembra otrās dekādes un ilgst līdz marta beigām.
Upe ir kuģojama tikai tās saplūšanas vietas tuvumā. Upes gultni aizsprosto aizsprosti vienpadsmit vietās.
