Tadžikistānas upes ir plūstošas un galvenokārt pieder Arāla jūras baseinam. Un tikai daži ieplūst Karakula ezera vai Tarimas upes ūdeņos.
Amu Darjas upe
Amu Darjas kanāls iet cauri četru valstu teritorijai - Afganistānai, Tadžikistānai, Uzbekistānai un Turkmenistānai. Kanāla kopējais garums ir 2400 kilometri. No tiem 1415 kilometri šķērso valsti. Amu Darjas avotu veido divu upju - Vakhsh un Pyanj - saplūšana. Upes grīva ir Arāla jūras ūdeņi (pie saplūšanas tā veido lielu deltu).
Pie upes ir maz pieteku. Vidēji Amu Darja saņem Kafirnigan, Surkhandarya un Sherebad ūdeņus, kā arī vienu kreiso pieteku - Kunduz upi. Un tālāk, līdz sateces vietai, pietekas vairs nav. Upes ūdeņi tiek aktīvi izmantoti, un tāpēc Amu Darja nesasniedz Arāla jūru. Tieši tas kļuva par vienu no tā izžūšanas iemesliem.
Amu Darjas ūdeņos ir diezgan daudz dažādu zivju šķirņu: asp; kails vīrietis; arāla sams; plaudis; sabrefish; sudraba karpas; Baltais amūrs; ienīst.
Vanj upe
Viena no upēm, kuras kanāls atrodas tikai Tadžikistānas teritorijā. Tā ir Pyanj upes labā pieteka. Kopējais upes garums ir 103 kilometri. Avotu veido divu upju saplūšana - viena nolaižas no Vančas kores ledājiem, otra - no Zinātņu akadēmijas kores (rietumu nogāze). Kanāls iet starp Vanch un Darvaz grēdām.
Kaškarjaras upe
Teritoriāli upes gultne iet caur Tadžikistānas (Sughd apgabals) un Uzbekistānas (Kaškadarjas reģions) zemēm. Tradicionāli upei ir trīs nosaukumi: augštecē - Obikhunda; vidējais kurss - Shinachasai; zemākā - Maimanakadarya.
Kopējais kanāla garums ir 378 kilometri. Upes avots atrodas 2960 metru augstumā virs jūras līmeņa, un to veido divas nenosauktas upes. Galvenās pietekas: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu upe
Kopējais kanāla garums ir 88 kilometri. Muksu atrodas Tadžikistānas reģionā Jirgatal. Avots ir divu upju saplūšana: Seldara un Sauksoy (Fedčenko un Lielā Saukdara ledāji).
Kuzylsu upe
Kyzylsu, kas nozīmē "sarkanā upe", plūst caur Kirgizstānas un Tadžikistānas teritoriju. Avots ir Trans-Alai grēdas nogāzes. Kopējais kanāla garums ir 235 kilometri. Satecē ar Muksu upi tas rada Vakhsh upi.
Vakhsh upe
Kopējais upes kanāla garums ir 786 kilometri, un tie visi šķērso Tadžikistānas teritoriju. Upes avots atrodas Pamiras nogāzēs, bet tās saplūšanas vieta ar Pjaņjas upes ūdeņiem rada lielo Amu Darju. Upe ir galvenais apūdeņošanas, kā arī enerģijas ražošanas avots.
