Lielākā daļa Hondurasas upju ir kalnainas. Un tiek atvērts visu republikas lielāko upju saraksts - Patuka, Ulua un Aguan.
Aguanas upe
Upe šķērso Hondurasas ziemeļu teritorijas, sākot no Joro departamenta. Tad viņš dodas ceļojumā, izvēloties austrumu virzienu, šķērsojot Kolonas departamenta zemes. Un ceļojums beidzas, ieplūstot Karību jūras ūdeņos (netālu no Santa Rosa de Aguán). Kopējais straumes garums sasniedz gandrīz četrus simtus kilometru. Aguānai ir vairākas pietekas.
Upes ieleju aktīvi izmanto lauksaimniecībā. Ielejā strauta augšējā / vidējā daļā ir dārzeņu lauki, kā arī kukurūzas un pupiņu plantācijas. Lejteces ieleja tiek nodota rīsiem un citrusaugļiem. Šeit audzē arī eļļas palmu un platīnu.
Riu-Sumpula upe
Rio Sumpula iziet cauri divu štatu zemēm - Salvadorai (tās ziemeļrietumu daļa) un Hondurasai (dienvidrietumu teritorijas). Upe ir ļoti īsa - tikai septiņdesmit septiņi kilometri - un visā tās garumā tā kalpo kā robeža, kas sadala šo valstu teritorijas.
Rio Simpul avots atrodas Salvadorā. Tur upe šķērso vairākas pašvaldības (visas atrodas vienā departamentā - Chalatenango). Tas ietek Rio Lempa ūdeņos.
Rio Torola upe
Rio Torola šķērso Centrālameriku, plūstot pa Salvadoras (ziemeļaustrumi) un Hondurasas (republikas dienvidu daļa) zemēm. Kopējais Rio Torola ilgums ir nedaudz vairāk nekā simts kilometru. Upes izcelsme ir Salvadoras teritorijā vietā, kur Lahitas upe saplūst ar Mansukupagua strautu. Rio Torola mute ir Rio Lempa ūdeņi.
Ulua upe
Upes gultne šķērso Hondurasas teritoriju tās ziemeļu daļā, sākot no Intibukas departamenta zemēm (netālu no La Pazas, Cordillera de Mentesillos kalnu nogāzēs). Kopējais straumes garums ir 358 kilometri ar kopējo sateces baseinu gandrīz divdesmit trīs tūkstoši kvadrātu.
Upi veido Sasagua un Puringla upju saplūšana. Augštecē tas ir pazīstams kā Rio Grande de Otoro. Sākotnēji upe steidzas uz ziemeļiem, tranzītā šķērsojot Santa Barbaru, bet pēc tam Ulua strauji pagriežas uz rietumiem un, apejot trīs departamentus - Joro, Kortesu un Atlantīdu - pabeidz ceļu Hondurasas līča ūdeņos.
Goaskoran upe
Goaskoran izceļ taku caur Hondurasas un Salvadoras zemēm, šķērsojot valstis dienvidu daļā. Strāvas garums ir aptuveni simt trīsdesmit kilometri, un sateces baseins ir divi tūkstoši seši simti sešdesmit trīs kvadrātkilometri.
Pēdējie astoņpadsmit kilometri straumes ir dabiskā robeža starp abiem štatiem. Goaskoran ūdens ir dzeramā ūdens avots tās krastos dzīvojošajiem valsts iedzīvotājiem.