Lielākoties Peru upes pieder pie pasaules lielākās upes - Amazones - baseina.
Javari upe
Zhavari ir viena no upēm, kas atrodas Dienvidamerikas centrālajā daļā. Ģeogrāfiski upes gultne pieder divām valstīm - Peru un Brazīlijai. Kanāla kopējais garums ir 1056 kilometri. Javari šķērso Brazīlijas ziemeļrietumu daļu un ir Amazones labā pieteka.
Upes avots ir Peru Andu (La Montagna) nogāzēs. Tad tas nolaižas no kalniem un pārējā straumē ir dabiskā robeža starp Brazīliju un Peru.
Upe ir kuģojama 500 kilometrus uz augšu no ietekas. Lietus sezonā, kas ilgst no janvāra līdz maijam, kuģojamā posma garums palielinās.
Girua upe
Girouis ir viena no daudzajām Amazones pietekām. Kopējais upes garums ir 3280 kilometri. Avots ir pilsēta La Montia (Peru), kas atrodas Peru Andu pakājē.
Upe ir kuģojama 1823 kilometrus no tās saplūšanas vietas (līdz Cruzeiro do Sul pašvaldības teritorijai). Upes baseins ir apdzīvots, bet galvenokārt upes vidustecē.
Kurarai upe
Kurarai ir viena no Dienvidamerikas upēm, kas atrodas divu valstu - Ekvadoras un Peru - teritorijā. Tā ir Napo upes labā pieteka. Upes avots ir Andu austrumu pakājes.
Kopējais kanāla garums ir 800 kilometri. Un tas iet caur Pastas (Ekvadoras province) un Loreto (Peru reģions) teritoriju. Peru teritorija ir 414 kilometrus gara. Kurarai ir dziļa visu gadu, bet kuģojama tikai lejtecē. Upes gultne iet caur reti apdzīvotām vietām. Pārsvarā upes krastos dzīvo indiešu tautas - Vaorani un Kečua.
Madre de Dios upe
Madre de Dios šķērso divu valstu - Peru un Bolīvijas - teritoriju un pieder pie Amazones baseina. Kopējais upes gultnes garums ir 640 kilometri.
Upes avots ir Peru Andos.
Madre de Dios ir viens no vissvarīgākajiem ūdensceļiem, kas atrodas Amazones augšējā daļā. Upes krastos atrodas liela ostas pilsēta - Puerto Maldonado. Pēc viņa upe ir kuģojama.
Upes ieleju aktīvi izmanto mango audzēšanai. Turklāt šeit tiek iegūts zelts, kā arī mežizstrāde rūpnieciskā mērogā. Upes krastos ir vairākas aizsargājamas dabas teritorijas.
Mantaro upe
Upes gultne ir pilnībā Peru, un tās garums ir 724 kilometri. Mantaro ir Apurimaca upes atzars. Ģeogrāfiski iet caur šādu provinču zemēm: Junin; Yauli; Hauka; Concepcion; Huancayo.